Zmiany zakresu działania transportu kolejowego wynikały głównie z potrzeby dostosowania tego transportu do wymogów gospodarki rynkowej. Polegały one na stopniowej rezygnacji z działalności gospodarczej, niezwiązanej bezpośrednio z przewozami. Pojawiły się też nowe rodzaje działalności gospodarczej, związane z rozszerzeniem oferty usługowej w przewozach. Dotyczyło to spedycji oraz pośrednictwa w świadczeniu usług przewozowych, wykonywanych innymi rodzajami transportu. Ze względu na spadek wielkości przewozów oraz potrzebę oddzielenia od transportu działalności nietransportowej, następowały zmiany organizacyjne.
Polegały one na uproszczeniu struktury organizacyjnej i zmniejszeniu znaczenia organizacji typu terytorialnego (okręgi, rejony) na rzecz organizacji rzeczowej. Zmiany te zmierzają do wyodrębnienia zarządu infrastrukturą kolejową, przewozami ładunków i przewozami pasażerów, a także do zmiany struktury własnościowej przedsiębiorstwa (komercjalizacja i prywatyzacja), gdyż do dnia dzisiejszego transport kolejowy był całkowicie w gestii Państwa (własność państwowa).
Duże zmiany wystąpiły w transporcie samochodowym. Spowodowane zostały wprowadzeniem swobody w wykonywaniu działalności gospodarczej w usługach przewozowych. W przewozach ładunków wprowadzono swobodny dostęp prywatnych przewoźników do rynku usług transportowych. Urynkowienie przewozów ładunków transportem samochodowym spowodowało, że są one rentowne. Jednocześnie, w przewozach ładunków coraz szerzej uczestniczą podmioty, które wykonując obok innej działalności przewozy nie prowadzą zarejestrowanej działalności gospodarczej przewozu. Transport ten wchodzi z jednej strony w sferę działania transportu kolejowego, z drugiej zaś strony jest wypychany z przewozów na krótsze odległości przez komunikację miejską i przez samochody osobowe. Zakres działania tego transportu ustabilizował się, ograniczając się głownie do skali regionalnej.
Utrwalił się monopol jednej organizacji – przedsiębiorstw PKS o statusie przedsiębiorstw państwowych, jednakże ich udział w rynku nieznacznie spada.
Nastąpiły też zmiany w drogownictwie. Dokonana została prawie pełna prywatyzacja zaplecza technicznego drogownictwa, wraz z jej oddzieleniem od administracji drogowej.
Zmalał znacznie potencjał wykonawczy tego zaplecza, co było spowodowane wielokrotnym spadkiem nakładów na drogi. Nie wystąpiły istotne zmiany w sieci dróg. Przyrost ogólnej długości dróg był znikomy, a ich stan techniczny pogorszył się. Zwiększyło się znacznie obciążenie dróg ruchem. Przeciętna liczba pojazdów na 1 km drogi wzrosła w latach 1989 – 1999 o ok. 33%.
W transporcie lotniczym na skutek polityki stopniowej liberalizacji przewozów lotniczych w roku 1999 wystąpiła równowaga w przewozach zagranicznych LOT-u (49,8%) i przewoźników obcych (50,2%). Przewozy pasażerskie od poziomu 1,8 mln pasażerów w roku 1990 wzrosły do około 3,4 mln pasażerów w roku 1999. Początkowo spadkowi przewozów w latach 1990-1991 towarzyszyło obniżenie wielkości ruchu na lotniskach do poziomu 55 % w stosunku do roku 1989, a następnie jego wyraźne ożywienie.
Zmiany w transporcie morskim należy rozpatrywać odrębnie w stosunku do żeglugi morskiej i do portów morskich. Przewozy ładunków żeglugą morską zmieniały się w badanym okresie inaczej niż przewozy w transporcie lądowym. Wynika to z faktu dużego udziału w żegludze morskiej przewozów między obcymi portami. Przewozy zagraniczne żeglugi morskiej spowodowały, że w dynamice rocznych zmian, z wyjątkiem jednego roku 1993, nie było istotnych wahań. Drugą cechą zmian, poza internacjonalizacją żeglugi, była zmiana geograficznego zasięgu działania – zmalał udział przewozów oceanicznych. Zmieniała się też struktura rodzajowa przewozów. Nieznacznie zwiększył się udział przewozów regularnych. Spadły w tym okresie liczba i tonaż statków. Spadły w tym okresie liczba i tonaż statków z 247 statków ( 4,2 mln DWT) w 1990 r. do 128 statków (2,5 mln DWT) w 2000 r. Pogorszyła się również struktura wiekowa tonażu. Liczba statków w wieku powyżej 20 lat wzrosła z 41 statków w 1990 r. do 59 statków w 2000 r.
Trwa proces regresu morskiej floty handlowej, spowodowany brakiem dostatecznej rentowności wynikającej z niedostosowania warunków działania polskich przedsiębiorstw armatorskich do warunków istniejących w krajach OECD i UE.
W portach morskich rozpoczęły się procesy restrukturyzacji. Polegają one na oddzieleniu zarządzania infrastrukturą portową od zarządzania działalnością eksploatacyjną portów. Następuje stopniowe dostosowywanie potencjału przeładunkowego portów morskich do zmian w strukturze ładunków przewożonych transportem morskim w relacji z polskimi portami, szczególnie widoczny jest spadek przeładunków ładunków masowych oraz wzrost obrotów drobnicowych, w tym kontenerów”.
W transporcie wodnym śródlądowym ukształtowała się nowa struktura przewozów. Dominują w niej ładunki masowe, tj. piasek, żwir i węgiel kamienny. Powoli rośnie również udział produktów przetworzonych, zwłaszcza metalowych. Główną przyczyną ograniczającą rozwój tej gałęzi transportu jest zły stan infrastruktury dróg wodnych. Obecnie najwięcej przewozów odbywa się na Odrze. Znaczenie gospodarcze mają również przewozy w rejonie dolnej Wisły, Kanału Bydgoskiego, w rejonie Elbląga oraz Zalewu Wiślanego. Jako korzystne należy uznać obecność polskiej floty śródlądowej na drogach wodnych Europy Zachodniej.
Zmienił się udział komunikacji miejskiej w obsłudze ruchliwości komunikacyjnej ludności. Udział ten zmniejsza się, choć w niektórych miastach można mówić o stabilizacji na poziomie 60-75% udziału w ruchach niepieszych, co w porównaniu do miast UE jest wskaźnikiem bardzo wysokim. Malała również liczba miejsc w pojazdach (podaż usług). Ze względu na malejące przewozy, obniżyło się 1999 roku obciążenie miejsca w pojazdach. Podstawową cechą zmiany organizacyjnej jest jej rozproszenie, dostosowane do skali miasta czy gminy.