Spółka EuroLOT S.A. powstała w 1996 roku, a jej działalność rozpoczęła się w 1997 roku. Dzięki uzyskanej koncesji i świadectwu przewoźnika lotniczego, EuroLOT miał prawo do wykonywania regularnych i nieregularnych przewozów lotniczych na trasach krajowych i zagranicznych. Działalność spółki miała na celu rekonstrukcję krajowej siatki połączeń lotniczych oraz redukcję kosztów operacyjnych, co miało umożliwić stworzenie konkurencyjnej oferty przewozów regionalnych.
EuroLOT, posiadając kapitał akcyjny wynoszący początkowo 33 mln zł, stał się w pełni zależną spółką PLL LOT S.A., który był jej wyłącznym udziałowcem. Już w 2001 roku planowano podwyższenie kapitału akcyjnego do 159,4 mln zł. Spółka została doceniona za swój wkład w rozwój krajowych połączeń lotniczych, otrzymując prestiżową nagrodę "Najlepszy debiut w biznesie 1998" od Kapituły Polskiego Klubu Biznesu.
Wraz z przystąpieniem EuroLOT-u do European Regions Airlines Association (ERA) w 1998 roku, spółka stała się częścią międzynarodowej sieci przewoźników regionalnych, co pozwoliło jej rozwijać swoją działalność i wprowadzać nowe standardy jakości w regionie. Z kolei w 2000 roku EuroLOT stał się operatorem świadczącym usługi przewozowe na rzecz PLL LOT, a jego flota powiększyła się o samoloty ATR-72, co znacznie zwiększyło jej możliwości operacyjne.
Wyniki finansowe EuroLOT-u w latach 1998-2000 wykazywały trudności finansowe, z wysokimi stratami netto, co wskazywało na początkowe trudności w rozwoju i budowaniu rentowności spółki. Jednak mimo tych problemów, firma kontynuowała rozwój, a w 2001 roku przewidywano osiągnięcie dodatniego wyniku finansowego, co miało stanowić punkt zwrotny w działalności spółki. Spółka EuroLOT odgrywała istotną rolę w krajowym rynku lotniczym, wnosząc wkład w modernizację infrastruktury przewozów krajowych oraz w procesy restrukturyzacji PLL LOT S.A.
