Istota organizacji zapisana jest w zmodyfikowanym Traktacie Brukselskim w artykule V, w którym zawarte jest zobowiązanie stron do: "W przypadku gdy jedna z umawiających się Wysokich Stron stanie się obiektem zbrojnej agresji w Europie, pozostałe udzielą jej – zgodnie z art.. 51 Karty ONZ – pomocy i wsparcia wszelkimi dostępnymi sposobami środkami wojskowymi oraz innymi" [J. Gryz, Unia Zachodnioeuropejska, Warszawa 1997, s. 143.]. Podejmowanie działania zgodnie z art. IV, będą we współpracy z Organizacją Traktatu Północnoatlantyckiego. W tym też artykule stwierdzono, że w celu uniknięcia dublowania działań wojskowych sztabów NATO Rada UZE i jej agendy będą zwracać o informacje i porady do właściwych władz NATO. Wzajemne zobowiązania stron zmodyfikowanego Traktatu Brukselskiego w zakresie zbiorowej samoobrony, wynikające z artykułu V, idą znacznie dalej niż wzajemne zobowiązania stron Traktatu Północnoatlantyckiego, wynikające z artykułu 5 Traktatu, który dotyczy tej samej kwestii. Strony zmodyfikowanego Traktatu Brukselskiego mają obowiązek przyjścia państwu napadniętemu z pomocą wojskową, podczas gdy w podobnej sytuacji Traktat Północnoatlantycki pozostawia swobodę wyboru środków pomocy.
Unia Europejska posiada organy międzyrządowe, Radę i Sekretariat Generalny, oraz organ parlamentarny- Zgromadzenie [T. Otłowski Polska w procesie integracji z NATO i Unią Zachodnioeuropejską 1991-1998, Warszawa 1999, s. 131].
Głównym organem UZE jest Rada złożona z przedstawicieli krajów członkowskich. Rada powstała na podstawie artykułu VIII zmodyfikowanego Traktatu Brukselskiego jako organ, “który powołał wszelkie organy pomocnicze, które mogłyby być uznane za użyteczne”. Rada podejmuje jednomyślnie decyzje we wszystkich sprawach, dla których wyraźnie nie przewiduje się innej procedury głosowania.
Na szczeblu ministrów spraw zagranicznych i ministrów obrony Rada, nazywana w tym przypadku Radą Ministrów, zbiera się dwa razy do roku w stolicy kraju pełniącego obowiązki przewodniczącego UZE. Zmiana na stanowisku przewodniczącego następuje co dwanaście miesięcy 1 lipca każdego roku. Jako organ stały Rada zbiera się na szczeblu stałych przedstawicieli państw członków UZE w siedzibie organizacji pod przewodnictwem sekretarza generalnego.
Stała Rada wspomagana jest w działalności przez grupy robocze oraz organy pomocnicze. Istnieją następujące grupy robocze:
– Grupa Robocza do Spraw Specjalnych,
– Grupa Przedstawicieli Ministerstw Obrony w jej ramach działają trzy podgrupy: ds. Przestrzeni Kosmicznej, która zajmuje się koordynacją współpracy w zakresie technologii kosmicznej; ds. Weryfikacji i ds. Realizacji Traktatu Otwartego Przestworza [Ibidem, s. 132.].
Organami pomocniczymi Rady są: Instytut Badania Problemów Bezpieczeństwa; Centrum Interpretacji Danych Satelitarnych i Szkolenia; Agencja Kontroli Zbrojeń; Komórka Planowania.
Sekretariat Generalny ma swoją siedzibę w Brukseli. Jego głównym zadaniem jest zapewnienie łączności między Radą i grupami roboczymi oraz organami pomocniczymi, a także przygotowywanie raportów na prośbę Rady.
Zgromadzenie UZE stanowiło (do czasu, gdy Grecja w marcu 1995r. uzyskała pełnoprawne członkostwo) 108 przedstawicieli parlamentów państw członków zasiadających w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy. Zajmuje się wszystkimi sprawami, których dotyczy zmodyfikowany Traktat Brukselski. Jest jedynym europejskim ciałem parlamentarnym, do którego kompetencji należy prowadzenie debat na tematy bezpieczeństwa i obronności. Artykuł IX Traktatu nakłada na Radę UZE obowiązek przedstawienia Zgromadzeniu rocznego raportu ze swej działalności. Zgromadzenie formułuje pod adresem Rady zalecenia i dyrektywy.
Zgromadzeniu UZE powołało sześć komisji: Obrony; Polityczna; ds. Technologii i Działalności w Kosmosie; ds. Budżetu i Administracji; Proceduralna i Immunitetów oraz ds. Kontaktów Parlamentarnych i Publicznych [J. Glaster, Z. Witkowski, Kompedium wiedzy o UE: z uwzględnieniem Traktatu Amsterdamskiego, Toruń 1997, s. 45.].
Artykuł IV zmodyfikowanego Traktatu Brukselskiego, zobowiązujący strony Traktatu oraz organy UZE do ścisłej współpracy z NATO przy jego realizacji pozbawił w praktyce Unię potrzeby tworzenia autonomicznej struktury wojskowej i określił jej generalną zależność od NATO. Dlatego też przez lata Rada i jej Organy pomocnicze nie przejawiły większej aktywności, a najbardziej czynnym organem było Zgromadzenie UZE. Niejednokrotnie tam właśnie podkreślono specyfikację interesów bezpieczeństwa państw europejskich.
Do 1984 roku można mówić o uśpieniu organizacji nową fazę w historii UZE zapoczątkowała nadzwyczajne sesję Rady na szczeblu ministrów spraw zagranicznych i ministrów obrony państw członków, która odbyła się w Rzymie w październiku 1984 r. Podczas spotkania członkowie UZE omawiali możliwość wzajemnej współpracy wojskowej poza strukturami NATO. Sesja zakończyła się przyjęciem dwóch dokumentów: Deklaracji Rzymskiej oraz Programu Instytucjonalnych reform UZE. W Deklaracji wyrażono postanowienie lepszego wykorzystania UZE w celu pogłębienia współpracy pomiędzy państwami członkami w dziedzinie polityki bezpieczeństwa, wyrażając przekonanie, że służyć to będzie doskonaleniu wspólnej obrony w ramach Sojuszu Atlantyckiego oraz dialogowi i współpracy Wschód- Zachód. Zapowiedziano również działania w kierunku harmonizacji stanowisk w sprawie specyficznych warunków bezpieczeństwa europejskiego [Ibidem, s. 148-150].
